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之後，桃機公司舉行公開說明會收集意見後，環保署於2018年2月12日召開第三跑道開發計畫二階環評範疇界定會議，作成「確認本案可行之替代方案：零方案，即本計畫不開發」結論。
桃機公司編制「第三跑道環評報告書初稿」，由交通部在辦理現場勘察及公聽會後，於同年9月25日轉送環保署審查，經環保署提交2020年3月25日環評會議決議後，轉由環保署於同年5月8日公告第三跑道環境影響評估書摘要及審查結論，通過二階環評審查。
吳明哲等21人不服提起訴願，行政院2021年3月駁回訴願，吳等人遂提行政訴訟。
北高行認為，第三跑道的替代方案，已被範疇界定會議確認為「零方案」，因此沒有對替代方案行環評程序，沒有違法；另外，桃園離岸風力發電廠興建計畫，未取得經濟部的許可籌設，環評程序未納入評估離岸電廠計畫，沒有違誤。
至於居民指摘環評報告書中，沙崙油庫風險等各項環評缺失，北高行認為，在歷次初審會議或環評會議中，對於環評委員或與會人員提問事項或質疑，均由開發單位回應說明，事後也有補充說明，各項具高度科技性、預測性的專業議題，已深度檢驗、討論，經核環評會判斷，沒有違法情事。
北高行認為，環保署認為評估書初稿已足以提供審查判斷所需資訊，得以預防及減輕開發計畫對環境造成的不良影響，達成環境保護之目的，而通過二階環評審查，並以原處分公告審查結論及評估書摘要，於法並無違誤，駁回吳等人的訴訟。可上訴。
