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不過2015年，台北市政府廉政委員會調查大巨蛋案，調查資料遭到外洩，北市府政風處查證發現，是洪智坤指示秘書劉玉婷，把相關資料陸續交給特定媒體記者及名嘴。洪智坤被記兩小過並暫停參加例行的市長室會議。
之後柯文哲與洪智坤漸行漸遠，2016年，台北市議員王世堅爆料，洪智坤收受遠雄企業團不當高額價金，洪智坤提告。但不久後，洪智坤就以健康因素，向台北市政府請辭顧問一職。但洪智坤告王世堅的誹謗官司，最後是洪智坤獲勝，王世堅被依加重誹謗罪判處拘役50天、得易科罰金5萬元。
洪智坤離開台北市政府後，曾短暫離開政壇，回到故鄉台中從商，2018年台南市長黃偉哲當選後，洪智坤改到台南發展，擔任市府無給職市政顧問，深獲黃偉哲重用，台南市議員謝龍介就曾批，洪智坤宛如地下市長，在台南光電、黑金弊案中也是關鍵角色，只是一直未浮出檯面。
綠營人士說，洪智坤是很有一套的政治幕僚，能幫老闆解決很多難以解決的事情，也不怕得罪人，即使同為新潮流出身，洪智坤過去屢屢槓上前立委段宜康也毫無畏懼，而柯文哲是素人從政，黃偉哲在民進黨是孤鳥，沒有班底，因此會很需要像洪智坤這種人幫忙喬事。
也有與洪智坤熟識的人士說，洪智坤為人海派，對老闆忠誠、對朋友有義氣，但就是對權力的慾望太強，對錢與性，會有過多的渴望，在政壇多年，洪智坤的言行常被說有爭議。她也感嘆，洪智坤愛開黃腔、對女性不尊重，早就都有傳聞，但從陳菊、柯文哲到黃偉哲，卻都長期縱容，如今洪智坤出事，這三位政壇大咖的包庇，也該負起責任。
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