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學成返國的林飛帆，先回到民間，不過他並不像其他學運夥伴加入時代力量，而是維持無黨籍，他雖然反對國民黨，但對民進黨的批評也不假辭色。早在2013年，他因為不滿台南鐵路東移案，就痛罵當時的台南市長賴清德，「這一夜過後，我無法再說我對賴清德還有期待，我無法再說我認為他是有足夠政治智慧解決南鐵爭議的市長。」
時代力量創黨後，2017年9月，時代力量在台南成立黨部，台南出生的林飛帆來助講時直言，「某黨推個西瓜出來都會當選」，暗諷民進黨在台南獨大，希望能讓第三勢力茁壯。
2018年立法院修《勞動基準法》鬆綁七休一，林飛帆也寫公開信喊話民進黨，「目前青年對民進黨的憤怒已經超過修法本身，儼然形成與318爆發前青年對國民黨的全面失望、絕望、揚棄、憤怒相近的氛圍」。不過林飛帆卻在2019年加入民進黨，還擔任副祕書長，不少人就質疑林飛帆已放棄理想，為了月薪9萬元折腰。
而黨內對於過去林飛帆批評民進黨的言論，還有太陽花學運的事蹟，也都不以為然。2019年8月，《鏡周刊》報導他拜會黨內派系大老，大老請他喝普洱茶，並諷他，跟普洱茶一樣是被炒作出來的。
2020年立委選舉與2022年九合一選舉，民進黨為對抗時代力量，也一直有意安排學運出身的林飛帆到新竹參選，不過只想作政策研究的林飛帆都拒絕參選，在重視戰功的民進黨內，林飛帆並未累積足夠的政治能量，卻又一直位居要位，讓黨內不少人眼紅，認為他佔爽缺，且林飛帆在黨內獨來獨往，人際關係普通，這次又被點名空降參選台北市立委，有黨工就私下抱怨，林飛帆到底要蹭學運光環蹭多久？
本月初，民進黨前婦女部主任許嘉恬疑似性騷吃案，經黨內調查後，雖認為督導的林飛帆並無違規，但為求止血，林飛帆今天還是宣布退選。諷刺的是，同為太陽花戰友的陳為廷，被爆是襲胸累犯，常會伸手觸摸女生胸部，學運期間力挺林飛帆與陳為庭的社運人士王丹，日前也遭爆料性侵未遂，如今林飛帆也跟著落難。
同樣曾參與太陽花學運的人士說，林飛帆是社會運動出身，但民進黨已是執政黨，執政多年難免有各種包袱與弊病，林飛帆無力在體制內改革，就該早點離開，否則只會落得兩邊不是人的下場，現在林飛帆宣布退選，對林飛帆也不見得是壞事，希望他能早日重拾太陽花時期的勇氣，勇敢監督民進黨，讓民進黨更好。
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