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另外，國民黨中央黨部質疑台灣與立陶宛簽訂不平等條約，將關鍵技術外流到其他國家。外交部指出，本案工研院同意境外授權業經過產學研各方審核，並提報經濟部備查，不會對我國半導體企業先進製程造成負面影響，也能協助立國建構半導體產業，降低雙方倚賴中國的風險。
外交部次長李淳表示，我國與立陶宛有關半導體案的內容，來回談判幾乎有2年的時間，再多次的磋商以後，才決議共同出資總計1,400萬歐元，包括我國提供1,000萬歐元協助立國半導體產業的能力建構訓練，以及立國指定該國最具規模的電子科技大廠Teltonika公司與我國合作，由該公司挹注400萬歐元與工研院簽訂契約。王鴻薇這次的爆料內容比較像是在漫長的磋商過程中某一天的交換意見，誇大扭曲成全部案件的最終結果。
此外，對於半導體的8吋晶圓部分，我國早在2002年開放8吋晶圓技術赴中國投資設廠，後續甚至同意12吋晶圓赴中投資。這代表專家20年前就認定8吋晶圓廠赴中國投資不會對台灣半導體造成影響，20年後的現在更不會有半導體關鍵技術的外流。
李淳表示，設立半導體製造廠需數百億新台幣，台立合作提供的1000萬歐元僅為協助建立基礎研發與人才養成等基本需求，未來立陶宛在半導體產業鏈的定位及發展均自行編列預算支應。
李淳說，提出這些指控，顯示其對半導體產業不了解、對商業合作模式對台灣後續的商機利益也不了解、對這家公司運作和歷史也不了解，「都不了解還能得出賣台的結論，非常遺憾」。
李淳說，立陶宛為法治歐盟成員國，民主發展進程與台灣相似，且為台灣理念相近夥伴；他呼籲，國內政治攻防不應該影響到跟台灣友好、志同道合的國家，更不應該利用其獲得政治利益。
外交部發聲明表示，駐立陶宛台灣代表處是首個以台灣為名的駐外館處，立陶宛力抗中國壓力，並敦促歐盟就中國貿易歧視向世界貿易組織（WTO）提告，維護以規則為基礎的國際秩序，外交部將在維護主權與拓展外交空間目標與職責下，持續秉持負責任及審慎態度執行國際合作計畫。
