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中職元年在1990年開打，前一年舉行特別選秀會，由聯盟主動邀請23位洋將在桃園龍潭棒球場舉行分組對抗賽，最後有16位球員被挑中，著名的「黑將軍」史東、賈西（Longo Garcia）、兄弟象隊帝波、三商虎隊鷹俠、統一獅羅曼、瑞奇等都是從選秀會中脫穎而出。
中職開打前幾年也吸引不少旅日業餘球員回國效力，旅日好手吳念庭父親吳復連，就是在中職選秀會中跟「草總」謝長亨、「悲情左投」陳明德等人獲選，而園年選秀會6位球員都是具有旅日經驗。
兄弟象隊在職棒初期也是急於打造強隊，1991年選秀會，以「外籍球員」方式選擇陳義信，原因是旅日的他當時已來不及參加前一年的選秀，而以特別「外國人」方式加入，當時味全龍隊抗議，但也無法改變事實。
不過1991年選秀會是第一次中職單年有2次選秀會（季前、季後）出現，兄弟選擇了陳仁安、賴建男，加上外籍球員的陳義信、布朗，可說是收穫滿滿，但陳義信入團後，並不佔洋將資格。
1993年，「呂怪物」呂明賜在日職巨人隊已經打出名號，味全龍隊搶先以「打擊教練」方式，爭取他加盟，不過兄弟在該年的季前新人選秀會，仍強行指名呂明賜，之後才有兩隊交易，林易增、陳彥成跟呂明賜交換的狀況。
若要說中職選秀比較「正常」，應該要從1994年開始，各隊都有指名新人，但兄弟卻沒有，自此，中職選秀進入發展期，各隊因為資金、預算有限，並不會一口氣指名很多新人，甚至放棄。
中職在1997年爆發假球案後，選秀會一度停擺，各隊以測試或另外招收方式選擇球員加盟，直到2000年新人選秀會，才又恢復。兄弟象隊在2001年選擇了「恰恰」彭政閔擔任選秀狀元，也開啟了兄弟的第二次三連霸王朝。
2002年興農牛隊選中「阿甘」蔡仲南，他創下史上最高500萬簽約金，依舊是中職至今最高紀錄，而他的高人氣帶動下，中職賽事又再度受到重視。
中職過去沒有二軍，因此體委會想出「代訓」方式，同時也舉辦「代訓」選秀會，2003年「中華職業棒球大聯盟」成立，中職史上第一次代訓選秀會，林智盛（勝）、周思齊、林岳平、林恩宇等人都被選中。
2004年La New熊隊選中石志偉，2005年則是選中「台灣巨砲」陳金鋒，他也以史上最高千萬年薪加盟。
中職2008年舉辦特別選秀，因為米迪亞暴龍、中信鯨宣布解散，兄弟選中倪福德，但他跟大聯盟老虎隊簽約，謝佳賢進入興農牛，其他各隊也有補進新人。
兄弟在新人選秀會選中前大聯盟好手曹錦輝，也十分有話題，但2009年發生「黑象事件」，兄弟一口氣選進19位球員，又選中前日職樂天金鷲的林恩宇，成為球迷追逐對象。
不過自此之後，中職選秀在旅外球員陳鏞基、郭嚴文等回國後，逐漸進入成熟期，2013年，統一獅以「旅外傑出球員條款」爭取郭泓志加盟，按中華職棒規定放棄新人選秀會前三輪資格，而該年也因應政府放寬兵役政策，舉行首度的高中生選秀，梁家榮、陳子豪、江辰晏、范玉禹都順利加盟。
而該年的新人選秀會中，鄭凱文、林威助在日職阪神隊同隊後，又再一起披上兄弟戰袍，猿隊選中「鄉長」陳禹勳，義大則是挑中左投黃勝雄。
原中職選秀是採用戰績排名，但2014年的選秀會，改採第一輪「抽籤」，類似日職的方式，之後再以順位排名，結果猿隊經過抽籤選到陳俊秀，也十分特別。
自2014年以後，中職選秀會就都從季中舉行，而自2014年後，歷年的選秀狀元為陳俊秀（Lamigo）、林哲瑄（義大）、蘇智傑（統一獅）、廖健富（Lamigo)、戴培峰（富邦）、劉基鴻（味全）、王維中（味全）、江少慶（富邦）、曾子祐（台鋼）。
新球團加盟，可以連續2年都擁有選秀第一輪第一順位，第一年可以前4輪都擁有2次指名權（共8人），而第二年開始，雖然還是擁有狀元資格，但只剩前2輪有2次指名權（共4人）。
