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但2020年黃國昌未競選連任，選區交棒給子弟兵參選，他改列時代力量不分區第四名，最後並未當選立委。離開立法院後，黃國昌在民間致力司法改革，現為公益揭弊暨吹哨者保護協會理事長，致力公益揭弊、政府公開透明、打擊公、私部門貪腐。
「我對於再當一個單打獨鬥的立委，興趣真的不高，那樣子的投入，能夠做到什麼、不能夠做到什麼，其實我也都經歷過了，那你說那不當立委，那要選總統嗎？也沒有這樣的可能性跟想像，現在已經有很多總統參選人，已經夠熱鬧了。」黃國昌笑說。
黃國昌反而多次公開說過，願意擔任法務部長，柯文哲也說，若明年當選總統，要由黃國昌擔任法務部長。黃國昌也不諱言，法務部長是能做事的位置，也不像經濟部長、農委會，有很多油水，「我對自己要做什麼事，一向都很坦蕩，我如果去當法務部長，就是要去掃蕩的，一定血流成河。」不過他也補一句，「所以沒有人敢用我的啦。」
不過擔任法務部長，就必須面臨簽決死刑犯的問題，是否與自己的理念衝突？黃國昌說，廢死是很嚴肅的司法改革，是要由下而上，經過不斷教育討論溝通，不是短時間就能完成的，在還沒有廢死之前，就是依法行政，該怎麼做就怎麼做，這不是問題。
「我比較在意是推動協會的事，716遊行只是開始，不是結束，我還是會持續盯下去。」黃國昌說，在吹哨者協會裡，還有很多進行中的案子，還在持續蒐證中，等到適當時機就會對外公布。距離明年選舉剩半年，黃國昌說，願意與理念相同的政治人物合作，但希望不是只有站台背書。
「我可能去全國巡迴，到不同城市，找立委參選人，要你來畫押，把能承諾都說清楚，我也要再走入台灣民間，讓更多人知道這些訴求對台灣的重要性的訴求，我們除了在台北盯著，繼續施壓要求執政黨、要求政治人物能夠做到，晚上有時間就開直播，跟網友互動，也可以在廟口演講的時候開直播，結合線上跟線下，我覺得蠻有feel的啊。」
那未來的合作，包含民進黨嗎？黃國昌說，民進黨敢來，他當然會支持，他也不希望民進黨現在只有一個腦袋在思考，所有政治人物跟他站太近都擔心被黨紀處分，民進黨還是要擴大社會的支持，「難道你們現在只想鞏固基本盤，就覺得明年選舉會贏嗎？」
