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後續展開貨品貿易、服務貿易、投資保障，以及爭端解決協議協商，原來兩岸打算先簽署《服務貿易協定》（又稱服貿），讓業者早日利用該協議下的優惠待遇，進軍中國市場，兩岸也儘速於2013年6月21日，在上海市舉行第九次高層會談，並簽署《服務貿易協定》。
不過，由於不少民間團體擔憂，服貿可能使台灣在經濟與政治上更受中國操縱，再加上民眾不滿國民黨政府的政策長期傾斜中國，使服貿協議在台灣社會造成廣泛的爭議，該爭議更引發「太陽花學運」，自此，兩岸服貿協議被擱置至今，從2016年民進黨再度執政後，協商就此中斷。
自從總統蔡英文上任後，國民黨就不斷質疑，民進黨只要CPTPP不要服貿，既然反服貿也應「廢除ECFA」，痛批其就是在騙選票，賴清德競選辦公室發言人戴瑋姍則表示，ECFA持續存在，並不代表一定要「重啟服貿」，兩者間並無必然關係，把「廢除ECFA」當作要求台灣屈從中共政治主張的恐嚇之詞，十分不負責任。
一直到中國商務部昨天舉行例行記者會，控訴台灣對中國的貿易限制措施「涉嫌違反WTO規定」，將依據相關規定及調查情況，對ECFA採取相對應措施，外界憂心，這是中國擬取消ECFA的前奏，經濟部官員今（18）日回應，台灣並未違反WTO規範，更直言「中方目前作為屬於政治動機」。
