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祝釩剛與蕭亞軒在加拿大溫哥華歌唱選秀比賽時相識、相戀，因為比賽過程的優異表現，蕭亞軒獲得維京音樂負責人姚謙的賞識，因此回台發展，雙方因為遠距離的關係，戀情最後無疾而終。之後蕭亞軒還傳出與陳冠希、隆宸翰、田沛恩、毛加恩交往，不過本人都沒有證實。
2003年時，蕭亞軒結識王陽明，兩人分分合合多年，當年蕭亞軒為了王陽明特地飛去紐約相伴，卻傳出男方變心，之後只能回到加拿大溫哥華療傷，雙方直到2006年才真的徹底斷開聯繫。
2007年時蕭亞軒與男模白梓軒拍攝〈錯的人〉MV傳出戀情，不過後來不了了之；2008年時蕭亞軒拍攝歌曲〈表白〉MV，認識混血男模李安卓，後來被目擊在豪宅接吻，戀情僅維持一年多，最後以分手收場；2009年則是傳出與李威戀愛中，男方經常出入蕭亞軒家，不過李威當時表示是去蕭亞軒家打麻將。
2010年時，蕭亞軒媽媽過世，傳出周湯豪經常為她打氣，兩人因此進一步交往，可惜僅半年戀情就玩完。也是在同一年，蕭亞軒被目擊與小8歲香港模特兒梁耀基熱戀，不過此事讓蕭亞軒大動作在社群媒體上發文：「大說謊家，會到不了天堂喔！」暗指對方蹭她熱度。
再來就是外界非常熟知「后的男人」之一的柯震東，蕭亞軒與柯震東戀情於2012年4月被曝光，可惜兩人價值觀有落差，雖然男方父母已認定蕭亞軒為自家人，無奈雙方還是沒有一起走下去，柯震東則是在2014年6月時透露自己是單身。
戀上億萬身價小開 泰國緊勾小鮮肉高爾夫選手
蕭亞軒與柯震東分手後，石正祥在此時出現，石正祥是吳建豪太太石貞善的弟弟，據悉身價數億，男方體貼為她療情傷，雙方在戀情穩定後大方認愛，後來兩人以個性不合協議分手。分手後，蕭亞軒在泰國曼谷過生日時，被網友目擊與小鮮肉高爾夫選手陳樺交往，戀情跟著曝光，兩人交往約8個月的時間，後來因價值觀、個性不合而分開。
最近的戀情則是黃皓，蕭亞軒與黃皓曾一起拍攝MV，還一起出演大陸綜藝節目《女兒們的戀愛第三季》，兩人相差16歲，大約交往3年多。2021年時蕭亞軒曾透露兩人的關係暫停，今年7月則是直播認了單身中，沒想到隨即傳出前男友黃皓與鄰居姐姐領證結婚了。
