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然而，近期國民黨、民眾黨先後對特定進口商開砲，這次專案進口中，超思公司自巴西進口8814萬顆雞蛋、佔約6成的總進口量，交易金額推估可高達6億，其中1億多元是來自農業部的蛋品補助，但公司資本額僅50萬元，農業部雖解釋超思透過親屬可與日本、巴西做生意，但國民黨仍質疑，超思只是「白手套」。
陳吉仲於電視台政論節目表示，台灣過去95%的雞蛋需求由國產滿足，鮮少進口雞蛋，這次專案進口措施實施前，計舉行2場說明會，50、60家貿易商表示興趣，最終僅9間滿足農業部提出的條件，如具有媒合出口國非疫農場或相關經驗、可提供官方檢疫衛生文件、報價合理、3月底前可訂手筆訂單等。
針對這次超思相關爭議，陳吉仲說，超思具有從日本進口雞蛋到台灣的經驗，也有從巴西引進雞蛋到日本的實績，到岸價格更遠低於其他2間貿易商，均符合農業部提出的條件，且他透露，這次超思能有更低的價格，是因為「把原本巴西要賣到日本的雞蛋訂單搶到台灣」。
陳吉仲強調，相關專案進口都是公開透明的，在野黨的說法與事實不符，甚至不瞭解但貿易的專業就加以誣蔑，相關措施都是為了讓消費者得以買到平價雞蛋、增加福利所規劃。
此外，陳吉仲也在臉書表示，有部分網路文章將進口巴西雞蛋講成刻意為了選舉、要讓業者發國難財的陰謀，他痛批，「這就是非常典型的編造假故事」，巴西是全球雞蛋主要輸出國。不只品質受到日本等重視食安國家的肯定，而且台灣還有機會買得到蛋，來滿足國內消費需求，他也與超思公司負責人素不相識、甚至是從媒體上才知道對方的名字。
