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行政院發言人林子倫轉述，很多遺物當時因車輛擠壓變形而壓在底下，需拆卸後始能發現，後續台鐵局應邀集檢調、運安會及家屬代表等進行車廂清理工作，以避免遺漏，清理完畢後再將車輛保留作為安全教育使用。
林子倫說明，後續發現疑似人類骨頭碎片及牙齒，均已由法醫研究所協助儘速進行並完成DNA型別鑑定，儘速與花蓮地檢署原有建檔資料比對確認；請台鐵局以最方便於領取人方式主動協助家屬進行領取，務求在最短時間内妥善處理完畢。
林子倫表示，會中副院長鄭文燦做出三點指示，首先與會單位務必儘速就轄區內事故車廂確實地毯式清查是否尚有疑似人類骨骼及有無旅客、被害人之遺留物品，並儘速清理。
其次為所尋獲之疑似人類骨骸，由桃園地檢署、基隆地檢署儘速協調法醫研究所比對確認被害人身分，經確認後將被害人身分資料造冊，統一交花蓮地檢署聯絡家屬，依家屬意願決定是否領取或如何領取，一切以家屬便利為原則。
最後則是所清理非屬車廂物品，台鐵局不能只是循前例於網路上公告招領，應由組成關懷小組，主動聯繫被害人家屬，告知相關公告招領資訊，並成立單一窗口受理家屬諮詢，及對物品發還方式、程序訂立明確規範協助家屬認領。
