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媒體詢問《中華民國112年國防報告書》「和平統一、一國兩制時期」中提到共機飛離沿海、抵近中線，納入1987年解除戒嚴、1995與1996年台海飛彈危機，卻未納入1999年「兩國論」發表後，導致空軍海峽中線以西控制權喪失，是否有特別考量？對此，戰略規劃司國防政策處處長許云甄表示，沒有特別考量，因為圖表沒有辦法呈現很細的東西。
1999年7月9日，李登輝接受德國媒體訪問時提出兩岸屬於「特殊國與國關係」，又稱為「兩國論」，當時的兩國論由時任陸委會主委蔡英文起草，美國柯林頓政府當時認為兩國論已經帶給中國大陸和美國雙方「更多困難」，但是反對中國以武力解決台灣問題。
李登輝提出「兩國論」後，累計近千架共軍戰機逼近海峽中線，令空軍忙於升空攔截應付，目的試圖逼迫台灣方面收回「兩國論」。最後，在美國的強力介入下，國軍被迫放棄海峽中線以西的領空，喪失半壁江山，現在僅有往來金門與馬祖的空軍運輸機、行政專機能飛越中線以西。
