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台鐵說明，第一階段車廂勘驗於9月1日、4日、5日由桃園地檢署、基隆地檢署指揮鐵路警察局及台鐵局等相關單位在富岡基地及七堵調車場完成第408次事故車廂勘驗工作。
第二階段車廂勘驗及後續處理於9月11日宜蘭地檢署在富岡基地會同臺鐵局及警察等相關單位完成第6432次事故車輛1至8車勘驗工作。
9月12日由桃園、基隆地檢署指揮刑事警察局及鐵路警察局，會同台鐵局及運安會等相關單位在富岡基地（7~8車）及七堵調車場（1~6車）完成第408次事故車廂勘驗工作。
第三階段台鐵局進行車廂全面清理，9月15日由台鐵局邀集罹難者家屬、宜蘭地檢署、鐵路警察局、運安會及內政部消防署等單位於富岡基地辦理第6432次普悠瑪號1至8車廂全面清理工作。
9月18日由台鐵局邀集罹難者家屬、花蓮、桃園、基隆地檢署、鐵路警察局、運安會及內政部消防署等單位，於富岡基地（7~8車）及七堵調車場（1~6車）理第408次太魯閣號事故車廂全面清理工作。
統計歷次勘驗及全面清理結果，台鐵表示，遺留物部分第6432次普悠瑪號事故車廂計35件，第408次太魯閣號事故車廂計170件，台鐵已於官網公告招領；另疑似遺骸部分，因偵查程序不便公開，依交通部「陸上交通事故災害防救業務計畫」由檢察官移請法醫研究所鑑定，確定罹難者，再由地檢署通知家屬，將全力持續關懷並協助家屬辦理後續事宜。
