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基層中醫師擔憂一旦陽明交大破壞總量共識，其他大學也會跟進，將使中醫系學生人數飆升，在中醫健保總額未增加的情況，過多中醫師就業，只會誘發醫療業惡性競爭、創造不必要的醫療需求，最終對醫療品質、全民健康都產生負面影響。
另外，「維護中醫總量管制聯盟」指控中醫師公會全聯會理事長詹永兆，聲稱已取得中醫界共識，可以外加30位招生員額，違反大多數中醫師共識，進而誤導教育部，做出錯誤決定，至今已有4縣市公會理事長陸續發出聲明表示，當初會議並沒有取得共識，聯盟要求詹永兆下台。
中醫師陳嘉帆指出，中醫藥司長疑似違反利益迴避原則，作為陽明中醫系得以設立與否的政府主管之一，同時又名列陽明中醫系師資名單，成為本案利害關係人，此舉是否涉及不當利益，也將陳請監察委員進行調查。
詹永兆回應，此案經過多次會議討論，有很多不同意見，最後決議支持陽明交大成立中醫系，但有附帶條件，希望衛福部慎重考量中醫合理人力規劃等；他強調，當然希望總量管制，漫無目標增設，確實影響各界權益，建議透過評鑑機制調整各校名額，例如表現不佳的校系就減招，將大學中醫學系拉回365人的招生總額管制。
教育部高教司回應，大學增設、調整院、系、所、學位學程或招生名額，屬於大學自主範疇，學校可依程序提出申請，陽明交大在今年1月提出申請113學年度增設中醫學系學士班，並經教育部依程序，邀集學者專家及衛福部進行專業審查，中醫師全聯會也於今年3月發函請教育部協助國立大學新設中醫系，並建議可於中醫系招生總額外，另新增30位員額。
高教司指出，陽明交大案綜合各方意見，主要考量學校中醫系設立以培育醫院臨床、科學研究及生技產業所需中醫人才為目的，且該校設立傳統醫藥研究所已達30年以上，附設醫院設有中醫部門，有豐富教學經驗、可提供臨床訓練場所等，可促進中醫醫學教育、科研、產業等整體發展。招生總量的問題涉及中醫人力需求及培育方式，正由衛福部評估中，教育部將配合衛福部意見辦理。
