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對此農業部指出，當時從泰國、美國及澳洲空運來台的雞蛋數量只有528萬顆，僅佔全部進口數量1.4億顆之3.8%，差額吸收26.8元到32.1元左右之雞蛋數量，更只占專案進口雞蛋數量的1%，雖航運成本較高，並非通案，整體專案進口雞蛋吸收差額平均一顆3.8元。
農業部進一步指出，這批批澳洲空運專案的雞蛋的到岸價格一顆約20.75到24.25元，關稅、營業稅加上管銷成本每顆約10.4到12.1元，畜產會吸收差額為每顆26.8到32.1元，並沒有補助的問題，也沒有補助給業者的情形存在。
針對吸收價差一事，農業部說明，吸收的差額有二部分，第一部份為國外雞蛋到岸價格與國內雞蛋產地價格的差額，第二部分為報關之雞蛋「關稅30%」、「營業稅5％」、「報關作業費用」等由政府吸收。
