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然而，部分民眾擔憂高端流感疫苗的安全性與效力，拒絕接種該廠牌疫苗，家長間也出現反彈聲浪，也有部分縣市宣布，校園公費接種不會提供高端疫苗，桃園市長張善政則稱「校園目前沒有高端的需求」。
不過，近期台中通報一位30多歲女子接種流感疫苗後出現不良反應，接種廠牌為「賽諾菲」，症狀為眼睛腫、呼吸喘、心悸等症狀，就醫後已經。對於相關不良事件，薛瑞元表示，目前流感疫苗施打不良反應事件通報計有8件，但其中並未出現高端相關通報。
此外，薛瑞元表示，從施打率來說，高端的施打率並不是最少的，且目前4種疫苗的施打率差異不大，衛福部與相關單位也持續監測流感疫情，提醒民眾，疫苗接種到產生抗體需要2週，因此考量到未來出現較大流行的可能性，鼓勵民眾都要接種疫苗。
另，衛福部疾管署副署長曾淑慧表示，112年10月2日開打截至10月11日，共收到8案不良事件通報，症狀包括眼睛紅腫、頭痛、皮膚起疹 (非注射部位)、皮膚癢、眼睛內出血、疲倦、發寒、喉嚨緊繃、心悸、呼吸喘、皮膚起疹 (非注射部位)、右半身麻木、頭痛、肌肉痛、噁心等，均屬於輕症。
