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當時，潘文忠回應，教育部已經依法將遴派代理校長到大葉大學，目前正在徵詢人選。但若私校校長遴選要比照公立，則一定要經過修法。
高教司長朱俊彰也說明，根據私校法規定，若半年內未選出新校長，教育部可要求學校於3個月限期內改善，到8月27日剛好滿9個月，因為大葉大學未選出校長，故教育部在9月1日已告知大葉大學董事會，將依照私校法指派代理校長。
但教育部昨天發出公文，核定方文昌擔任大葉大學校長，直到2026年7月30日為止，並提醒，校長為專任，不得擔任校外專職。
全國私校工會副理事長尤榮輝指出，大葉大學校長遲遲無法選出新校長，遴選過程充滿爭議，尤其董事會決定的人選曾涉入辦理掠奪性刊物及研討會，品格操守頗有疑慮，校内教師連署反對，私校工會也發文要求教育部不予核定，教育部長也回應立委質詢，說會派代理校長，結果昨天教育部竟不顧民意反對，部長也違反承諾，核定讓學術操守有瑕疵的人選擔任校長，此舉令人感到遺憾，恐怕加劇校內紛爭，讓大葉大學發展出現隱憂。
尤榮輝說，據媒體報導，大葉大學校長長期難產與董事會內鬥有關，校內紛擾已傷害校譽，讓招生雪上加霜。如今教育部既已核定新校長，若外界認有失職可向監察院陳情，目前只能期待校長能放下身段、積極主動與教職員及學生溝通，用行動及善意平息各方疑慮、安定人心，而董事會也必須以大局為重，放下個人恩怨，與校長合作好好治理學校，否則禍起蕭牆，恐怕大葉大學有退場危機。
