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國民黨立院黨團指控，中國要求僅有7家獲得註冊登記的養殖場，可以恢復受理台灣石斑魚報關，並依法實施檢驗檢疫，但消息一出，農業部漁業署事後卻說，要去了解這7家養殖場的「特殊性」，儼然是宣告要查水錶，質疑政府除了撒幣補貼，什麼也沒做，如今卻懷疑石斑魚是中國大陸介選工具。
對此，漁業署嚴正澄清表示，並無派人查中國大陸開放輸入石斑魚的7家養殖場特殊性，而是於12月22日透過「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」平臺向中方要求，中方應秉一致性規範原則，既然已經同意我方的生產管理條件，就應予以通過我方提供的所有合格養殖場名單，而不是其中幾家。
漁業署也表示，當次意見反應中，也對中方提及，這次並未透明公開說明核可原因，請中方盡速透過平臺與我方進行實質討論，除歡迎優質石斑魚產品輸銷中國外，同時與產業仍持續加強產業競爭力，生產符合市場國標準之水產品，拓銷國內外市場並分散集中單一市場風險，讓產業永續發展、漁民穩定獲益。
