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這起事故造成海保廳機上5人死亡，自行逃出的機長重傷送醫治療。日航客機上的379名乘客及機組人員，雖然緊急從3處逃生口逃脫，但有14人受傷或身體不適，因此送醫治療。
日本國家運輸安全委員會3日啟動調查，初步調查指出，在事故發生之前，塔台人員有給予日航客機允許進入跑道的許可，同時也向海上保安廳下達「行駛到跑道前」的指示。
報導引述日本航空聲明，從機組人員談話當中，也有聽到「聽到塔台降落許可，複數後開始進行進入、降落操作」。
目前國家運輸安全委員會已經派出6名航空事故調查官，自3日開始正式展開全面調查，其中也包括與飛航管制員的互動等事發當時的詳細情況。而警視廳也依業務過失致死傷嫌疑對此次事故展開調查，同時將於3日前往羽田機場，對發生事故的跑道與燒毀的日航機體進行現場勘查。
另外，該架日航客機的製造商「空中巴士」也將派遣專家團隊到日本，提供技術角度協助事故調查進行。
