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國土交通省相關人士透露，在事故發生之前，只有給予日本航空516班機進入跑道的許可，並指示海上保安廳的飛機行駛到跑道前等候，未許可飛機進入跑道當中。
但海保廳官員稱，日本海上保安廳飛機機長在事故發生後立即表示「已獲得起飛許可」，報導指出這表明了兩方出現了完全矛盾的理解。《NHK》報導指出，這與國土交通省目前所掌握的訊息完全不一樣。
日本國家運輸安全委員會航空事故調查官藤原琢也3日受訪時透露，目前已經回收海保廳機上2部黑盒子，包括記錄通話語音的錄音器與飛行狀況的飛行紀錄器，將分析確認內容。但日航客機的黑盒子尚未尋獲，將持續進行搜查。
目前日本國家運輸安全委員會已經派出6名人員赴事故現場展開調查，聚焦2機受損情形及散落跑道上的殘骸，之後也將聽取兩位機長的說法，進一步釐清當時的狀況與原因。
藤原琢也表示，「機身起火後，機體全體受到嚴重損壞，目前還無法明確回答撞擊是如何發生，將會持續調查，並進行報告。」
