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寵物被視為託運行李運送，雖然日航強調，寵物運輸環境遵循獸醫等專家建議，貨艙內保持與客艙一樣的溫度、濕度，為安全運輸盡最大努力。不過《日本經濟新聞》報導指出，在事故發生後進行撤離，乘客安全是最優先的事項，因此無法取出行李或是其他物品。
在事故發生之後，在社群平台X（舊推特）上也不斷有相關討論出現，不少網友都祈禱事故客機上沒有乘客託運的寵物，但憾事仍發生。
前《富士電視台》播報員葛西慎介（笠井信輔）在Instagram上發文表達自己對於這起事故的看法，同時為5名海保廳人員哀悼，沒想到貼文留言中出現了一名自稱是JAL516班機的乘客，表示自己因為這起事故失去了他的愛貓，「想到（貓咪）在大火中叫喊很多次，黑暗的貨倉很可怕吧、很痛苦吧，讓你獨自死去真的非常抱歉。」該名網友表示，仍然感覺很不真實，祈禱沒有人有一樣的感覺。
此外，針對賠償問題，日航已開始著手向機上367名乘客支付賠償金，每名乘客都會得到相應的補償，但日航不願透露具體金額。有網友透露，稱自己已經接到日航聯絡，乘客若行李全毀將會得到20萬日圓（約台幣4萬4000元）的賠償。
