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日本國土交通省公開的飛行紀錄顯示，2日下午5點45分，塔台管制員向海保機指示，「第一順位。請在地面滑行至C5跑道的滑行道等待」，8秒後，海保機機長宮本元氣回覆「正在前往」，隨後卻直接進入跑道並停留長達40秒，期間塔台管制員也並未發現海保機已闖入跑道。
海保廳內部人士指出，機長與罹難的5名隊員全都佩戴航空耳麥，全員都能聽見機長與塔台的對話內容，機長最初獲救時也不只一次強調，有獲得進入跑道的許可，後來又補充說當下有反覆與隊員確認指令內容，研判可能是海保機隊員全體誤將塔台的「第一順位準備」，誤解為「第一順位起飛」，所以才沒等日航JAL516降落就進入跑道。
另據《共同社》指出，事故當下「跑道佔用監視支援功能」運作正常，若其他飛機進入降落飛機即將接近的跑道，就會在螢幕上提醒空管員注意，亦不排除空管員可能漏看了提醒訊息，加上日航客機人員也沒能及時目測到海保機就在跑道上，事故或許是由包括人為失誤在內的「多重因素」所造成。
