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然而，台大表示，陳明通所指導的學生，自2022年7月起接連爆發論文抄襲，經過審定委員會討論後，依程序展開調查屬實後撤銷2位學生（林智堅、鄭文燦）的學位，當事人最後也都接受，調查結果並無爭議。
台大強調，校長陳文章已多次公開表示，國發所論文抄襲事件對臺大傷害甚深，呼籲陳教授身為指導教授應負起責任，主動向社會大眾致歉；雖校方不能阻遏已經發生的事實，但深刻檢討，引以為鑑，努力防範各教學單位再有類似情事發生。
此外，台大指出，目前已開設學倫課程、各系所的自律共識及資訊公開，以及對於多次發生違反學倫的系所，校方將組成訪視委員會進行訪視等措施，盼藉由多管齊下營造良善學倫環境，而學術倫理與誠信是學術研究的基本要求，台大堅持此一標準，不會含糊以對，以維護立校近百年的學術名譽。
