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然而，台大表示，陳明通所指導的學生，自2022年7月起接連爆發論文抄襲，經過審定委員會討論後，依程序展開調查屬實後撤銷2位學生（林智堅、鄭文燦）的學位，當事人最後也都接受，調查結果並無爭議。
台大強調，校長陳文章已多次公開表示，國發所論文抄襲事件對臺大傷害甚深，呼籲陳教授身為指導教授應負起責任，主動向社會大眾致歉。
對於陳明通的發言，柯文哲今天在黨團會議結束後訪時表示，「陳明通怎麼還敢出來？躲起來就好」，哪壺不開提哪壺；當時只有林智堅、行政院副院長鄭文燦2個人被撤銷論文，其他人沒有看。「我最生氣的就是這樣，錯就錯了、搞到國家沒有是非」，不然叫賴清德出來評論一下，他也台大畢業的。
