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何佩珊善於溝通、作風低調，深獲民進黨高層信任，最大特點就是護主心切，對柯建銘、對民進黨，一向捍衛到底。過去在擔任柯建銘的主任時，柯為推動政策常飽受黨內黨外批評，柯自己隨不以為意，但何佩珊有時不免會私下抱怨，幫老闆出氣。
何佩珊轉任政院秘書長後，民進黨政府最飽受批評的政策，就是《勞基法》修法。2017年11月，立法院衛環委員會初審《勞基法》，因發言立委過多，擔任召委的林靜儀規定每位立委發言6分鐘。
綠委林淑芬質詢時說，「《勞基法》30年來的翻轉，勞工的命運也整個翻轉，這次修法犧牲了勞工生命、健康，勞動部居然還要鬆綁七休一，過勞死是「人命關天」的事情，但《勞基法》修法居然還得經過經濟部同意，「這是對勞工最大的羞辱。」質詢時間到，林靜儀催促林淑芬結束發言，林淑芬嗆，面對如此重大的修法，每個委員竟然只能花6分鐘問完所有的問題，「那你們在逐條審查時會讓我們暢所欲言嗎？」。
林淑芬離開會議室時巧遇到場的何佩珊，何佩珊私下對林淑芬說，「你夠了吧？」引發林淑芬不滿，回嗆行政院副秘書長居然說出這種話，「這不是藐視國會，什麼才是藐視國會？但為避免私下的紛爭擴大，何佩珊不再回應林淑芬。
當時的時代力量立委黃國昌也反對政院版的《勞基法》修法，時任行政院長賴清德說，有傳簡訊跟黃國昌討論議事規則，黃國昌承認有收到賴清德的訊息，但也不滿何佩珊在LINE群組說他「自己將簡訊洩露給媒體，再反過來攻擊賴院長。」要求何佩珊在24小時內道歉。
