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邱晃年跟隨父親的腳步,成為陸軍裝甲兵軍官。2011年考入軍情局。邱晃年在軍情局期間因為表現優異,又有語言專長獲得重用,之後曾以化名到土耳其留學,實際上卻是從事情報工作,但身分卻遭外洩,軍情局為免邱晃年被中共抓走當人質,2014年8月緊急派人將其由土耳其撤回台灣,當年九月初中秋節前,才透過秘密管道將邱晃年安全護送回台灣。回國後邱晃年轉調至國安局。
2019年7月,總統府爆發特勤利用跟隨總統出訪走私香菸案,邱國正被蔡英文總統任命為國安局長,肩負整頓國安局重責大任。不久政壇出現耳語,指邱晃年得以轉入待遇更佳的國安局,是因為邱國正拜託當時國安局長李翔宙與軍情局長劉德良。
邱國正強調,他決定接國安局長,並未事先告訴兒子,接任後也沒特別聯絡。7月28日宣誓就任局長當天,邱國正曾忍不住往台下看,想知道兒子在不在,卻沒有見到人。當天中午才在局內餐廳才碰到兒子,邱晃年告訴他,因為考量到身分特殊,所以沒有出席新任局長的宣誓典禮。