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2004年吳秉叡參選立委首度當選,但2008年立法院改為單一選區後,吳秉叡未連任成功,2012年改列民進黨不分區立委回鍋立院,2016年再度參選立委,並連任迄今,2016年立委選舉,他的得票數及得票率均創下該區新高。2018年甚至有意參選新北市長,不過最後民進黨徵召老縣長蘇貞昌參選。
吳秉叡擔任立委期間也曾任黨團幹部,但2016年民進黨首度完全執政,啟動修《勞基法》改為一例一休,擔任黨團幹事長的吳秉叡在記者會上脫口說,一例一休就是民進黨的政策,反對的人,將來選舉可以不要支持民進黨,立刻引發爭議,他隨後道歉,強調自己發言過度簡化。
此外,2017年7月,立法院審查年金改革相關法案,國民黨用人海戰術發言拖延立法,吳秉叡在議場內與女主播互傳LINE。女主播傳給吳秉叡「睡不著」,吳秉叡回她一個熊大跟兔兔的親吻擁抱圖,並寫「在冗長無聊的國民黨發言中,浪費生命」,女主播則回說「不,您在拯救台灣,加油加油。」吳秉叡事後解釋,LINE的訊息只是朋友間互相關心,且只是貼圖,也不用跟太太交代。
2020年與2024年立委選舉,吳秉叡都遇到黨內挑戰者,雖在初選勝出,但2016年得票率破6成,2020年得票率剩55%,今年連任得票率更是剛好過半而已。吳秉叡近年也將重心移到經營選區,較少出現在螢光幕前。