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兩校合併後，學生達1.7萬人，教師達1400人，校地達139公頃，教育部認為合併後雙方學術互補、學術領域更多元，且合併後規模擴增，有助資源整合及提升學校競爭力，因此將報請行政院同意，校方也期待行政院盡早核定，以啟動新校長遴選。另外，兩校合併過程所需的必要性搬遷相關費用、系統整合費用等合併基本設施補助（約新台幣4億元），將由教育部依實際進程在年度預算中逐年核列。
至於因應合併所需的陽明校區新建館舍「智慧健康大樓及動物中心」、「南校區整體公共設施與景觀工程」及「其他衍生費用」等經費（約26億元），教育部考量符合校務發展方向，並有助國內智慧醫療及生醫新創產業發展及人才培育，支持2校循公共建設預算辦理。
合校後校名訂為國立陽明交通大學。
