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目前金門縣偶蹄類（牛、羊、鹿、豬）仍持續進行每年2次口蹄疫疫苗免疫注射，以及血清中和抗體監測等。
金門目前牛隻飼養6千餘頭、羊6千餘隻、豬隻1萬餘頭，若要像台澎馬一樣改列不打疫苗的非疫區，則至少必須進行3年以上拔針計畫。OIE對於「不施打疫苗口蹄疫非疫區」認定有一定之程序，為朝拔針目標前進，金門目前已經委託國立中興大學進行「金門縣停止施打口蹄疫疫苗之風險分析與質化評估計畫」，本計畫預計於109年12月完成，報告結果將做為後續哨兵豬試驗、同居試驗、中和血清抗體監測等試驗數據，朝拔針之目標前進。
在肉品輸台方面，按現行規定，符合「福建省金門縣偶蹄類動物及其產品禁止輸往臺灣本島及其他離島」第四點，仍可持續辦理銷台。經隔離檢疫合格，並貼有合格標籤之生鮮牛肉可以銷台外，其他未經隔離檢疫偶蹄類生鮮肉品仍管制禁止輸台或攜帶至台灣。
