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民進黨議員李坤城詢問，中華民國和中華人民共和國是否為2個獨立國家，侯友宜回答，「目前我們和他們各自管各自的」；對於大陸軍機繞台不斷滋擾台灣，侯友宜強調，捍衛中華民國，保衛台灣人民，不容許任何武力挑釁，如果有故意或挑釁的行為，要站出來捍衛中華民國。李坤城追問，所以兩岸是不同國家？侯友宜說，「以目前狀況而言是這樣」。
接下來質詢的民進黨議員何博文延續主權議題，再次詢問侯友宜，「一個主權獨立國家才能修憲，中華民國是否為主權獨立的國家？」，侯回應「台灣是一個主權的國家」，聽到侯友宜表態，何博文表示肯定，又追問，和李登輝主張的「特殊兩國論」有何不同？侯友宜說，不清楚兩國論內容，「那段時間我在當警察」。
何博文說，對於侯友宜公開宣稱，台灣和中華人民共和國是兩個主權獨立互不隸屬的國家，「這樣的兩國論，我高度肯定」，對於何博文扣上兩國論的大帽子，侯友宜並未支聲，也沒有反駁或多做說明。
