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此外，特別條例訂定，營利事業給付員工依規定請防疫假，該期間的薪資金額的百分之200，可自當年度營利事業所得額中減除。但營利事業給付上述員工的薪資金額已適用其他法律規定的租稅優惠者，則不得適用。例如給付公司研發人員防疫假期間薪資，如選擇適用加倍減除規定，則該部分薪資不得適用研發支出投資抵減優惠。
還要注意的是，受疫情影響而發生營運困難的營利事業，雖然特別條例的紓困、補貼、振興措施尚有待子法規訂定，企業仍應持續關注並善用政府提供的補助或租稅減免措施，以降低營運成本壓力。
至於受疫情影響而發生困難的營利事業或個人，可依法申請延期或分期繳納稅捐。稅捐稽徵法第26條規定，納稅義務人因天災、事變、不可抗力之事由或為經濟弱勢者，不能於法定期間內繳清稅捐者，得於規定納稅期間內，向稅捐稽徵機關申請延期或分期繳納，其延期或分期繳納之期間，不得逾3年。
另外，會計師簽證申報所得稅案件申請延期或分期繳納稅捐，凡依核准後的期限繳納稅捐，不影響簽證案件優惠的適用。例如甲公司各年度均屬會計師簽證申報案件，108年度扣除以前年度虧損後仍須自繳稅額500萬元，甲公司向國稅局申請核准分期繳納500萬元稅額，只要甲公司依規定期限辦理結算申報及繳納分期稅額，不影響甲公司108年度扣除以前年度虧損的適用資格。
