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對於此案，農委會依據台肥公股代表11月26日函送的報告，提出以下共6點疑慮，並送交台北地檢署與相關主管機關偵辦。首先，農委會副主委陳駿季表示，台肥於本建案契約條款爭議的過程中，僅以個人名義以電子信箱詢問金管會，卻未以正式發文金管會，最終認定本建案分期付款行為未違法公司法等法規，這項流程不符合上市公司的做法。
陳駿季還說，有關於預售屋定型化買賣的契約，在消保法有明確規定那些情況可歸責於買方、賣方、雙方或是都不歸屬；但根據內政部曾函復台肥公司的內容，台肥並未明確詢問本件建案屬於買賣契約中第9條二（三）條款，也就是因政令變更致發生貸款差額屬可歸責於買受人的條款無效，卻自行判讀該條款無效，直接改適用第9條二（一）不可歸責於雙方的條款，處理實有疏失。
陳駿季也指出，台肥原依據合約寄發催繳函給各買受人，但歷經數次協商會議後，即作成長期分期付款的決議，且2014年間台肥貸款事宜的簽辦均由各處室固定人員蓋章，但在最終確認貸款及延長年限時，則改由先前完全未參與程序的員工簽辦，其間轉折必須釐清。
▲農委會副主委陳駿季強調，農委會會調查台肥公司貸款「日升月恆」建案，並未針對特定買家。（圖／記者賴志昶攝）陳駿季還表示，本件分期付清款項共計約13億，竟未經董事會決議，而直接以內部簽呈由董事長決行，同意建案買受人以長達10年或20年的分期攤還方式付清貸款差額，與公司經營常規分期付款作法不同，恐有違反證券交易法對內部控制的相關規定。
陳駿季說，台肥公司2014年8月4日簽辦處理方式的陳核過程中，「總經理OOO」的核章與其簽稿會核表「總經理顧問OOO」核章不同，恐有偽造文書罪嫌。
陳駿季稱，分期付款期間財務報表的會計科目為「應收帳款」，與台肥公司財務處開立的收款發票記載為「銀行貸款–土地款」並未一致，恐有違反公開發行公司內部控制制度之嫌。
陳駿季強調，農委會針對該起建案爭議，並未針對整個預售屋的特定買家，僅就整個貸款案的認定過程提出疑慮；至於上述13億貸款中，一開始有32戶協商以10到20年時間分期攤還，最終調查報告確認是目前有13戶仍在攤還這份貸款。
至於該案是否會究責過去農委會主委與台肥董事？陳駿季表示，首先得先由檢調調查該案是否真的有違法事實，之後才會有後續糾正主管的行為。
