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事實上，台鐵累積的債務驚人，經過中央梳理釐清後，台鐵實質負債約有1484億元，目前規劃將由交通部成立基金償還，此外，員工最關切的退撫金654億元，也會由交通部逐年編列預算支應，債務問題看似迎刃而解，然而更嚴峻的挑戰才正要開始。
從普悠瑪出軌到太魯閣事故，人為疏失、系統問題都再再顯示台鐵的沉痾不只是錢的問題，設備老舊、人力不足、缺乏經驗傳承、節約營運等問題，都不是能靠「公司化」輕易解決的問題。
若從員工結構來看，台鐵人才流失嚴重，高達三分之一的員工資歷不滿5年，在基層人力無法維持營運的狀況下，台鐵只好把每個員工運用到「淋漓盡致」，勞動條件不佳的結果，讓台鐵陷入惡性循環的泥淖中。除了人才缺口，台鐵維修的複雜性與良率也堪憂。王國材自己也坦承，台鐵現行有23種車型，檢修上相當困難，且舊車款電氣系統老化、動力系統異常，新購入的車款則有人員操作不熟練、原廠製造瑕疵、設定需調整等問題，都讓安全改革蒙上陰影。
綜觀全球，僅古巴、北韓、緬甸、斯里蘭卡的鐵路交通並非公司化經營，王國材也多次提到：「安全改造在現行僵化組織下無法落實！」因此，台鐵想要徹底的改革，公司化是勢在必行的道路，只是公司化經營後，要如何調整體質問題？如何對症下藥？如何讓組織更具「彈性」以解決人力缺乏與設備問題？恐怕也只能等台鐵公司正式上路才能知道了。
