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據轉述，柯文哲的防疫急門診概念，靈感源自於過去SARS疫情期間。柯文哲指出，當時和平醫院之所以會封院，原因在於所有確診患者都往醫院送，並未顧慮到醫療量能的維持，且當時院內感染控管不佳，才導致封院一事發生。因此除了控管院內的醫療量能外，也要注意是否有可能交互感染。
而防疫急門診，就是為了在確診人數劇增的當下，能夠有效地將醫院的醫療量能留給真正需要的人。無症狀與輕症的確診患者，先在各醫療院所獨立出來的防疫急門診進行PCR檢測，並在院方提供藥物後，返家進行居家醫療或是前往防疫旅館進行隔離；而有特殊慢性疾病、或是需要氧氣供應的中重症患者，才入住負壓病房接受治療。
「如果所有患者不分症狀都往醫院裡面送，很快就會有患者死在急診室門口。」柯文哲日前在防疫記者會上表示，為了能夠最有效地保存醫療量能，未來對於患者能否住院的標準，恐怕會隨著疫情而更加嚴格，「目的就是為了將病床與醫院量能，留給真正需要的病患。」
而身為「頭號柯黑」的民進黨台北市議員王世堅，也在議會質詢時，罕見地盛讚柯文哲「做對了」，一部分也與防疫急門診概念有關。「先快篩陽性、再進行PCR」、「輕中症先給藥物而非住院」，並將醫院留給重症、其他病患的策略，是「柯文哲難得做出對的決定，未來中央也應該跟上。」
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