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司法院表示，修正重點包含：將第一審智慧財產民事事件明定專屬智慧財產及商業法院管轄；侵害一般營業秘密罪的「第一審刑事案件」（含附帶民事訴訟），改由智商法院第一審智慧財產法庭審理；另配合國家安全法規定，增訂侵害國家核心關鍵技術之營業秘密刑事案件，由相當於高等法院層級之第二審智慧財產法庭為第一審管轄法院；同時明定最高法院應設立專庭或專股辦理智慧財產案件，以貫徹審理的專業。
此外，增訂營業秘密卷證去識別化之代號或代稱、卷證資訊獲知權及修正秘密保持命令制度，以保護營業秘密卷證內容；並將違反秘密保持命令罪，改採非告訴乃論，提高刑責；另引進境外違反秘密保持命令罪，以落實營業秘密訴訟保護。
為將智財案件集中審理，修法引進審理計畫制度、擴大採行強制律師代理、擴大專家參與審判，引進查證制度與專家證人制度；紛爭解決一次性、避免裁判歧異，建立司法與行政資訊交流制度、技審官報告書更公開透明，並增進科技設備審理、司法E化升級、增訂被害人訴訟參與制度等，讓被害人更能積極捍衛權益，修正「更正再抗辯」制度及「附帶民事訴訟程序」等規定，以解決實務爭議。
司法院表示，為使新法順利運作，未來仍會持續舉辦各項智慧財產訴訟研習課程，並加強營業秘密、國安營業秘密訴訟保護等專業研習，強化法官的專業知識養成；並藉由各級法院設立辦理智慧財產專庭，以及智商法院智慧財產法庭實施民刑分流制度，建構專業、妥適及迅速審理智慧財產案件的訴訟制度，並強化台灣企業的國際競爭力。
