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後因2002年底，檢方接獲中藥商全聯會成員檢舉，質疑全聯會帳目不清，要求查帳，檢調竟循線查出，包含邱垂貞在內等8位立委，在推動藥事法修法過程中，陸續收受賄賂。
2008年，最高檢察署特偵組起訴邱垂貞、李俊毅、趙永清、許舒博、馮定國、廖福本、林光華、陳鴻基等8人。
此案偵審耗時20年，一審認定邱垂貞、廖福本有罪，但二審認定8人均有罪，後來案件在二、三審間來回。
2013年間，李俊毅、趙永清、陳鴻基3人率先獲判無罪確定，廖福本因死亡獲判公訴不受理。後來，林光華、馮定國（已死亡）、許舒博也陸續獲判無罪確定。
僅邱垂貞自一審到更五審都被認定有罪。前（2021）年，更五審認定，邱垂貞明知胞兄收受饋贈，也知道該筆款項是中藥商公會為了尋求修法而匯款，邱仍持續推動修法，他收500萬元與職務上行為有對價關係，構成不違背職務收受賄賂罪，判處3年10月刑、褫奪公權3年，犯罪所得500萬元沒收，案經最高法院駁回上訴確定。
