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柯文哲辦公室發言人陳智菡表示，原本文化部承諾編列預算給北市，後來卻又不願給付，來往都有會議紀錄與公文可查詢；蔣萬安則表示，當初在與柯市府交接時，並沒有談到這麼細節，而是在上任後才發現有爭議款待處理，後續會與法務局研究，按照合約精神走，並持續與中央溝通，希望得到圓滿的解決。
文化部指出，依據代辦協議書明定代辦工程費「以核定預算為限」，同時規定「於委託代辦應行事項範圍內，應以善良管理人之注意義務，履行協議書內容。」台北市政府於2018年提出追加15億元的要求，預算暴增1/3至60億元，行政院雖勉於同意所求，但於核定函時也再次強調，北流工程延宕11年之久，北市府應確實督導監控各項進度，並應善盡主管機關責任，檢討並審慎釐清相關責任。
文化部表示，在行政院核定增列15億元預算前，北市政府即已發生追加預算未經行政院核定即發包施作前例，雖2.6億元後由北市府自行支應，但北市府卻又於風光開幕後，提出工程爭議款1.9億元，要求文化部支應。
文化部認為，北市府於履約過程中，不僅未依協議書規定妥適控管工程費用上限，以致產生爭議款項，且北市府自始自終並沒有盡到善盡管理人責任。
文化部強調，新任台北市長蔣萬安上任後，文化局長蔡詩萍先後兩次拜訪前任及現任部長李永得、史哲，文化部也釋出善意，請北市府補充相關爭議資訊後，由文化部委請律師提出法律意見書。但依律師法律意見書目前所顯示相關資訊，並無法排除台北市政府責任，整體計畫經費仍應依協議書規定，北市府有義務於原核定60億元預算內完成整體工程，後續自行變更或增加預算，應歸責於北市府責任，皆無要求中央買單的權利。
