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然而，自110年台灣大規模進行新冠肺炎疫苗接種作業後，預防接種受害救濟申請案件驟增，救濟補償核發及相關處理支出大幅成長，該基金總額已低於審議辦法所訂下限、新臺幣1億5,000萬元，因此疾管署依基金收支運用情形調整疫苗徵收金額。
疾管署表示，考量110年至112年間，僅有新冠肺炎疫苗及卡介苗的救濟給付總金額、超過該疫苗於同時期的總徵收金額，因此將新冠疫苗徵收金額調整為每一人劑22元，卡介苗徵收金額調整為每一人劑2元，其他疫苗則維持原規定的每一人劑1.5元，以符收支平衡及風險分擔原則，維持預防接種受害救濟制度運作。
不過，疾管署說明，目前使用中的莫德納及Novavax疫苗均為疾管署專案輸入，卡介苗亦為疾管署委託製造，此修正現階段僅涉及疾管署兩基金（疫苗基金、預防接種受害救濟基金）的收支分配，並不會影響國內外疫苗廠商。
