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孔雀綠常用作魚類生病的治療藥劑以及預防感染的藥物，主要用在專供飼養於水族缸內觀賞魚疾病治療，但可能對人體有致癌性，農業部已於2018年5月公告生效，孔雀綠為動物用禁藥，禁止製造、調劑、輸入、輸出、販賣或陳列，也不得使用於食用水產品。
🟡「孔雀綠」對許多器官都具有毒性
美國有學者從大小鼠研究中發現孔雀綠具有肝毒性，會使肝臟腫大及空泡化、甲狀腺產生濾泡囊腫，此外老鼠的體重也有顯著減輕的趨勢，疑似有致癌性。
其他研究也指出孔雀綠會危害肺臟、胸腺以及卵巢，且可能造成基因受損，甚至突變。在紐西蘭懷孕白兔的實驗中，則觀察到孔雀綠會造成胎兒發育不全，有產生畸胎的疑慮（Srivastava, 2004）。簡言之，孔雀綠對許多器官都具有毒性，且可能影響胎兒發育。
孔雀綠經由生物體吸收後，肝臟酵素會將其代謝轉化為「還原型孔雀綠」，其化學結構和毒性與孔雀綠相似，但是又更容易累積在生物體內的脂肪與內臟裡，不易代謝。
林口長庚醫院臨床毒物中心主任顏宗海指出，孔雀綠是水溶性，在魚體內代謝會變成「還原型孔雀綠」，兩者都有毒性，在動物實驗發現，小鼠攝取大量孔雀綠會影響肝臟功能、甲狀腺功能也會異常，長期可能增加甲狀腺癌、肝癌風險。
若僅施用低劑量的孔雀綠，在無分析儀器幫助下，很難以肉眼從外觀判斷有無孔雀綠殘留，但若是施用高濃度孔雀綠，環境部專家提供辨識和避免誤食的方法：
1、觀察魚鰭回縮性：通常撥開魚鰭放開後會立即回縮，若浸泡過孔雀綠，魚鰭的回縮性會變差。
2、魚鰭根部顏色：一般魚類的魚鰭根部是肉色或是微泛紅，有可能因孔雀綠水溶液殘留而呈現藍綠色。
3、選擇優良養殖場：如果單從外觀無法判斷，民眾可選擇來源明確或是有優良水產養殖場認證（Good Aquaculture Practice, GAP 認證）的產品，降低購入不良商品的機率。
4、避免吃脂肪、內臟：由於還原型孔雀綠通常儲存在脂肪中，如果對餐廳食材有疑慮，則盡量避免食用魚的脂肪與內臟，可降低攝入孔雀綠的含量。
5、勿過度驚慌：萬一誤食含孔雀綠殘留的海鮮，民眾也無需太過驚慌，劑量不至於引其急性反應，唯有長期食用累積才可能造成身體危害。
