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行政究責部分，立法院移送指出，林耀庭涉犯《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》，經南檢起訴，林耀庭於立院考績委員會中自陳，在中華東盟經濟技術促進會等3個民間團體擔任理事職務，並受領交通費，且未曾向立法院報准。
立法院查出，林耀庭其實是中華東盟經濟技術促進會的理事長，並非如他陳述僅擔任理事；且「奕智博」曾於2018年匯款100多萬元至中華東盟經濟技術促進會帳戶，該筆款項的用途及該促進會解散後的相關帳目均不明確。林耀庭不僅沒向立法院報准，調查時隱瞞理事長身分，且對涉及刑事案件的相關金流未能清楚交代，涉有違失。
林耀庭藉在立法院工作的身分，透過不詳管道向移民署和相關政府機關部門承辦公務員施壓、要求提前辦理，使這些單位誤認申請入台的大陸人符合資格，而以較快速度審核通過並由移民署核發入境許可證，藉此向奕智博數位集團收取費用，違反兩岸人民關係條例，違反公務員懲戒法「非執行職務之違法行為，致嚴重損害政府之信譽」規定，移請懲戒法院審理。
懲戒法院認為，林耀庭除觸犯刑罰法律外，又違反公務員應誠實清廉的要旨，另還違反公務員不得兼職的規定，行為戕害人民對公務員信賴，為維護公務紀律，有懲戒必要。林兼職行為分兩階段，第一階段已逾10年追懲時效，這部分不予懲戒，另審酌林兼職期間、所獲取的報酬、觸犯刑罰法律的情節，決議判休職，期間2年，期滿可回任原職。可上訴。
