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首先來看簽署的雙方「北京」方面，1995年1月30日，中共領導人江澤民曾在江八點提到，雙方可先就「一個中國的原則」下正式結束兩岸敵對狀態，雙方進行談判並達成協議。在此基礎上，兩岸共同承擔義務，維護中國的主權和領土完整，並對今後兩岸關係的發展規畫。北京簽署的前提，也出現在國台辦發布的《一個中國的原則與台灣問題》白皮書第二點；在胡錦濤的「胡六點」也曾出現過。
兩岸簽署和平協議，在普羅大眾的認知裡，就僅是兩岸雙方友善的表徵，甚至只是「一張紙的表徵」。如果兩岸有天交惡了，協議也可隨時取消，或不予承認，雙方不認帳，這種暫時性的承諾，實在沒什麼好堅決不能簽署的，部分民眾也不解民進黨為何強烈反彈。
但細看北京提出簽署的前提是「一個中國」後，這就讓和平協議升級為統獨之爭。綠營人士認為，如果兩岸簽了，等同台灣認同一個中國。目前在台灣，有人認為兩岸本同屬一中，一中是中華民國，但也有部分人堅持台灣不屬於中國大陸的一部分。
陸委會主委陳明通19日在立法院答詢時表示，兩岸簽署和平協議是國民黨主席吳敦義提出的，這確實屬於「政治議題的協商」，但他認為監督的門檻很低。陸委會因此決定修法。陳明通說，如果有人要去對岸協商，必須事前要向立法院提出計畫，獲得三分之二委員同意，才可以去，也必須舉行諮詢性公投，徵詢人民的意見。等對方回來後，也必須有四分之三的立委出席並予以同意，才可以交付公民投票。公投時，必須有過半數選民通過，才可以算數。陳明通表示，兩岸簽署協議非常敏感，需要社會有多數共識，以避免未來可能的紛爭。
兩岸簽署和平協議，需要公投通過，若從之前的「台灣的前途與未來，由2300萬人決定」的宣示與主張，或許可以理解。但也有人主張政權輪替，就是2300萬人的決定，額外舉行公投是多此一舉。但現在除了公投之外，還要在立法院經「四分之三的立委出席並予以同意」，門檻如此之高，就如同陳明通在立法院明白表示「這等於是修憲門檻」。從這點來看，或許就可以知道「和平協議」與「一個中國」，是如何觸動民進黨的政治神經。
