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交通部長林佳龍表示，鐵路的興建跟營運應由中央政府負責，要基於整體國土規畫跟區域發展，以及台鐵路網、營運效益來做評估。 2012 年訂定的鐵路立體化審查作業要點，部分地方縣市為了滿足條件，反而在申請時提出無法達成的財務規畫，因此從整體綜合效益來看，交通部應該承擔起更大的責任。
林佳龍舉例，交通部最近協助嘉義、彰化通過鐵路立體化審查可行性評估，但發現地方政府沒有提出整個都市計畫調整，很多土地效益也沒有充分利用，在協助地方反而可以創造多贏。在 2012 年之前，台北、新北的鐵路立體化預算都是中央負擔，但到了財政困難的縣市卻要自己負擔，中央、地方的補助都有標準程序，應該要回歸到財政能力來進行補助，而不是給之後發展鐵路立體化的縣市一個枷鎖。
