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在長期自然演替下,關渡自然保留區內的紅樹林持續擴張,原本的泥灘地逐漸演替為草澤,進而形成大面積的林澤,陸域範圍快速擴張,造成原本設置自然保留區的保育標的的鷸鴴科等水鳥逐漸消失,種類減少30%以上,僅剩下樹棲型鳥類,物種多樣性銳減,已悖離當初自然保留區設立目的。
此外,台北市政府經水工模型推演,亦提出洪泛威脅的疑慮,認為紅樹林擴張造成基隆河朝向深槽化發展,可能掏蝕基隆河左岸的社子島堤防,且若林下漂浮木過度堆積,可能阻斷通水,造成此河段水位抬升,形成洪患隱憂,因此北市府考量該區已有濕地保育法及水利法共同保護,提案廢止自然保留區。
農委會林務局指出,過去為保護關渡濕地,以當時僅有可劃設保護區的文資法公告為自然保留區,但河岸泥灘濕地是高度動態演替的環境,若要維持原來適合水鳥棲息的泥灘環境,則須以適度疏伐紅樹林等人為介入方式經營,在現今已有多元保育法令工具可援用,文資法在該區已完成階段性任務,廢止退場後將在濕地保育法等相關法令下持續經營管理,維持泥灘地生態。
林務局進一步說明,農委會依法召開自然地景及自然紀念物審議會,會中超過8成出席委員同意通過北市提案,廢止「關渡自然保留區」,未來也將就棲地保育層面,持續協助管理機關北市政府與濕地保育法之中央主管機關內政部,務求關渡濕地未來經營管理能更扣合保育目標。