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台南市衛生局疾病管制科科長林曉玫表示，台南防疫旅宿強化作業為會同通風系統、空調設備等專業人員，逐一查核市內所有防疫旅宿，確保旅館空調皆為每室獨立。除檢視室內空調設備(冷氣機)之過濾設施、管線，其他查核項目包含公共區域環境、人員經常接觸表面之消毒頻率、房內之清潔及消毒作業、垃圾處理、人員提供檢疫者餐飲的送餐方式，避免因感染管制觀念不佳，而反成旅館內傳染鏈之傳遞者。如使用中央空調循環系統的旅宿業者則視為高風險，將優先使用紫外線循環氣流殺菌機以防堵病毒感染。
另因應中央防疫旅館指引修正，增加門禁管理及安全維護， 居家檢疫或隔離者活動範圍以自己的房間為限，未經許可不能離開自己的房間或進入其他居家檢疫或隔離者的房間。若因取餐、放置垃圾、領取更換或補充之清潔或生活用品等情形，居家檢疫或隔離者於開門時，應佩戴口罩。前開內容工作人員得於以入住須知、廣播或房間內張貼文宣等方式，提醒居家檢疫或隔離者。
台南市長黃偉哲表示，台南市衛生局在北部擴大感染後，即開始積極配合觀旅局查察台南市轄的防疫旅館，到今天為止總共查察800多個房間，大多數都是獨立空調。若是使用中央空調系統，就會用紫外線循環氣流的殺菌機降低室內的病毒的數量，維持防疫旅館的乾淨品質。目前為止8例的感染確診者除了原先第一個零號病人之外，大多數都是防疫旅館的清潔人員，所以防疫旅館的清潔工作不能輕忽。而台南市也是全國唯一將旅宿清潔交給專業清潔公司處理，就是希望能夠讓台南防疫旅館的安全度、清潔度以及防感染度做到最好。
台南衛生局也將於1月7日邀請專家學者針對防疫旅館第一線人員及清潔人員，辦理防疫旅宿強化防疫再教育訓練。衛生局說明，紫外線循環氣流殺菌機提供高風險防疫旅宿機，直接照射環境週圍對空間的物體及附著的細菌達到除菌及照射吸入的空氣進行除菌，以達到空間除菌，以阻斷傳播但防疫旅館仍需加強環境清消。
