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這4大缺失，包括：「董事會治理權責應予釐清」、「醫師任免應審慎並符合程序正義」、「財務操作不應影響醫院經營」以及「急診人力應盡速調整補充避免影響民眾權益」。
檢查小組召集人蔡森田說，委員一致認為，長庚董事會與所屬決策委員會、行政管理中心，不但權責不分，且人事重疊，尤其董事會成員同質性過高，全是「自家人」、「王家人」，應予以矯正，以避免一人決策。
蔡森田指出，像是決策委員會主委雖經董事長授權，但決定重要事項卻未交由董事會討論決議，甚至同時身兼人評會主席，章程很奇怪，委員們要求院方要建立平時考核、專案考核、申訴救濟等考核與任免程序制度，才不會再發現此次一下子三大過免職的現象，且遭質疑球員兼裁判或一人決策。
過去就為人所詬病的長庚大量持有台塑四寶股份一事，衛福部也直指是缺失，認為應分散或採取更多樣化的投資策略，避免因持有上市公司股票利益考量而影響醫院經營管理。
衛福部醫事司長石崇良說，長庚持股雖然並未違反現行法令上限的20%，但委員們仍認為股權太過集中某幾家公司，針對這些缺失，衛福部會一一予以「指導」改善。衛福部也正推動醫療法修法，將針對醫療財團法人的治理及財產使用規範更為健全，希望能在下會期順利完成立法程序。
蔡森田也公開呼籲長庚應回到創辦人王永慶的初衷，回歸公益，不要過度重視績效與營利。
