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不過，綠能屋頂計畫宣布後，各界對於違建戶處理方式大為質疑，外傳，行政院長賴清德上周也於院會中對執行計畫仍未定案即對外宣布提撥 600 億元預算及補助成數大表不滿，要求朝政府、家戶0出資，轉由開發商出錢興建再享台電躉購電價優惠方向推動，讓經濟部必須重新規畫，預訂時程因此卡關。
能源局今日指出，由於委託多家顧問公司針對財務規畫進行完整評估，目前結論仍在整合中，同時，希望能具體了解系統整合商參與意願，並提出確實具有誘因的執行方式，才能確保計畫可成功往前推動。
能源局強調，綠能屋頂計畫大方向不會改變，裝置容量 3GW 的目標也會維持，至於屋頂違建受外界高度質疑，則將由內政部找出可裝設太陽能板又不妨礙違建拆除的參考態樣。
