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本（108）年度截至1月20日止，台南市共有5例境外確診病例，本土病例為零病例。衛生局局長陳怡指出，登革熱境外移入，一年四季都可能發生，呼籲市民不可因最近氣候轉冷即輕忽，平日應養成「巡、倒、清、刷」的習慣。此外，提醒民眾春節假期赴東南亞旅行務必做好防蚊措施，返國後若有發燒症狀，請先至醫院就醫，勿直接返回社區，避免登革熱病毒於社區擴散。
今年台南市登革熱防治要點以「阻絕境外、全民參與、科學防疫」為三大目標，將持續辦理旅遊業者、醫事人員等的教育訓練，鼓勵醫療院所使用NS1（登革熱非結構性蛋白1抗原）快篩試劑，並透過各類宣導平台及資料庫管理來增加疫情資訊的即時和正確性，民眾可利用登革熱疫情地理資訊系統閱覽登革熱相關訊息。
春節期間衛生局設有24小時值班專線及值班人員，期間計有12家醫院開設類流感特別門診共131診次，並會因應疫情隨時加開；備有充足的公費流感抗病毒藥劑，可供應3萬人使用。
動保處指出，國內禽流感案例持續發生，台南市已配合中央政策強化禽流感監測採樣，針對上市土雞場、上市鴨隻及濕地周邊半徑5公里等禽場進行主動監測，截至108年1月21日止，共採樣養鴨業者及養雞業者共42場數、高風險溼地週邊禽場採樣8場數，檢驗結果為46場合格，4場檢驗中。
動保處提醒養禽業者，每日應定時巡視禽舍及檢視禽隻健康狀況，加強保溫防寒工作，防止賊風進入使禽隻受寒，並落實人車管制及強化禽場防疫措施，若有禽隻異常死亡等情形，可立即向動物防疫保護處通報，以免疫情擴散蔓延。
春節期間（1/2-2/10及2/16-2/17） 類流感特別門診開設醫院：
1.台南市立醫院（委託秀傳醫療社團法人經營）
2.奇美醫療財團法人柳營奇美醫院
3.奇美醫療財團法人奇美醫院
4.奇美醫療財團法人佳里奇美醫院
5.台灣基督長老教會新樓醫療財團法人台南新樓醫院
6.台灣基督長老教會新樓醫療財團法人麻豆新樓醫院
7.國立成功大學醫學院附設醫院
8.郭綜合醫院
9.衛生福利部新營醫院
10.衛生福利部胸腔病院
11.衛生福利部臺南醫院
12.志誠醫院
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