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至於收費的部分，各大學都採取收費的模式，主要為支付教師、助教、現場考試評量等費用。目前清大開的先修課程，2學分收1200元，3學分收1800元，與其他大學的收費相當，先修課程內容及評量百分之百由清華的教師及助教負責，僅委託學聯網代為上架及收費，並支付業者平台網路流量費以及手續費，清大教務長戴念華表示，明年開始將會由清大自行架設平台，不會再繼續委外。
學聯網是目前國內最具規模的三大線上課程平台之一，與國內清交台成等數十所大學、資策會產學大學及科管局合作，其提供的許多線上課程都是免費的。
但學聯網所開設的課程並不都是大學、公務機關所開設，學聯網今年5月原預計開設的人工智慧自行車課程，標榜與清大合作，但該課程是業者自行開設，而非與清大合作，也不屬於教育部認證的大學先修課程，清大在5月中發現業者未經授權使用清大商標後，立即要求業者不得使用，並中止課程報名、全額退費，該課程並未開課。
