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此外，2012年訂定牛肉萊劑殘留容許量時，未增訂含萊劑的牛肉產品貨品分類號列，含萊劑的豬肉產品及其內臟，亦不宜有差別性管理規定，加上衛福部已就萊劑訂定殘留容許量標準，豬肉產品於進口時，皆須向衛福部食品藥物管理署申請食品輸入查驗，經查驗合格者，海關始予以放行，因邊境機制一致，無增訂專屬貨品分類號列必要。另稱農委會動植物防疫檢疫局於邊境進行檢疫作業，是對疫病管制，針對含萊劑豬肉產品無另立專號的需要。
也由於政府未強制要求萊豬標示，僅需標明產地，因此政府如何替人民把關更顯重要，只是在第一線的海關也相當無奈。
關務署表示，肉品通關查驗由3單位分工，除關務署之外，還有衛福部食藥署及農委會防檢局，各有自己的風險管理及查驗系統，其中有關萊劑含量是否超標及有無疫病蟲害分由食藥署及防檢局負責，關務署通關查驗重點則在產地、貨品及數量有沒有虛報、有沒有逃漏稅。
海關這邊若查驗產地無誤，申報貨名也對，來源國等稅則都有申報且沒問題，就會放行，之後就等食藥署及防檢局的檢驗及檢疫結果通知。由於目前都採電腦線上比對，只要透過電腦系統簽呈比對正確，就會自動放行通關。
也由於產地原本就是海關進口查驗重點工作，因此，關務署強調，原則上元旦起海關除如同平時檢驗之外，也會特別針對萊豬進口這部分加強查驗產地、貨品及數量有沒有虛報及逃漏稅的情況，萊劑是否符合標準這部分由食藥署把關，若抽驗結果符合標準就會放行。
當然，如果報運貨物進口有虛報所運貨物名稱、數量或重量及繳驗偽造、變造或不實發票或憑證等情事，根據《海關緝私條例》第37條可處所漏進口稅額5倍以下的罰鍰，或沒入或併沒入貨物。若有私運貨物進口或經營私運貨物者，依同法第36條可處貨價3倍以下罰鍰，甚至可能面臨刑責。
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