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乘客如欲托運寵物時應先自行準備安全、清潔、堅固及附有托盤之寵物運送籠具。同時為顧及托運寵物之舒適度及安全需求，每一籠具以裝載一隻寵物為限。柵門須牢固上鎖以防意外事故發生。
遠航不接受攜帶隨身寵物（合乎規定之導盲犬不在此限）進入客艙搭機。搭機乘客活生動物托運不適用免費行李托運原則，相關收費標準及詳細收運細則請洽遠東航空公司櫃檯服務人員。
犬貓進出金門地區檢查規則
須先向行政院農委會動植物防疫檢疫局高雄分局金門檢疫站
或基隆分局馬祖檢疫站申請檢查。
活生動物托運文件須具備：
申請書
寵物登記證
三月齡以上犬、貓：狂犬病預防注射證明文件
首次注射者，該證明文件之注射時間，需滿7天以上而未逾1年。詳細辦法請參閱行政院農委會動植物防疫檢疫局(www.baphiq.gov.tw/)。
根據動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則第 12 條 ：
進出金門、馬祖地區之犬、貓，其所有人或管理人應填具申請書，並檢附 下列文件申請檢查：
一、狂犬病預防注射證明文件，該證明文件之注射時間距檢查日，不得超 過一年；首次注射者，該證明文件之注射時間距檢查日應滿七日。
二、屬犬隻者，應另檢附寵物登記證明。 前項之檢查，由犬、貓之所有人或管理人向出發港、站設有中央主管機關 指定之檢查櫃檯申請。但由臺灣本島未設有檢查櫃檯之港、站出發，運入 金門、馬祖地區者，應於起運前透過航空、海運公司將前項文件傳真通知 金門、馬祖檢疫站，並於犬、貓運抵後，立即向金門、馬祖檢疫站申請檢 查。 第一項犬、貓經動物檢疫人員檢查與申請文件相符，且認定無狂犬病之虞 者，登錄其種類、數量及其所有人或管理人之姓名、國民身分證統一編號 等資料後放行。 動物檢疫人員辦理前項犬、貓檢查，必要時，得採血檢驗狂犬病抗體。
須先向行政院農委會動植物防疫檢疫局臺中分局澎湖檢疫站申請檢查。
活生動物托運文件須具備：
申請書
寵物登記證
三月齡以上犬、貓：狂犬病預防注射證明文件
首次注射者，該證明文件之注射時間，需滿7天以上而未逾1年。
詳細辦法請參閱行政院農委會動植物防疫檢疫局(www.baphiq.gov.tw/)。
根據犬貓及偶蹄類動物進出澎湖地區檢查規則第 3 條 ：
進出澎湖地區之犬、貓，其所有人或管理人應填具申請書，並檢附下列文 件申請檢查：
一、狂犬病預防注射證明文件，該證明文件之注射時間距檢查日不得超過 一年；首次注射者，該證明文件之注射時間距檢查日應滿七日。
二、屬犬隻者，應另檢附寵物登記證明。 前項檢查，由犬、貓之所有人或管理人向出發港、站設有中央主管機關指 定之檢查櫃檯申請。但由臺灣本島未設有檢查櫃檯之港、站出發，運入澎 湖地區者，應於起運前透過航空、海運公司將前項文件傳真通知行政院農 業委員會動植物防疫檢疫局臺中分局澎湖檢疫站（以下簡稱澎湖檢疫站） ，並於犬、貓運抵後，立即向澎湖檢疫站申請檢查。 第一項犬、貓經動物檢疫人員檢查與申請文件相符，且認定無狂犬病之虞 者，登錄其種類、數量及其所有人或管理人之姓名、國民身分證統一編號 等資料後放行。 動物檢疫人員辦理前項犬、貓檢查，必要時，得採血檢驗狂犬病抗體。
