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陸委會說明，金門地區限制、禁止水域國防部早於民國81年10月7日即依據兩岸條例劃設且歷經修正公告迄今，雙方執法機關均依此進行相關水域執法工作，並據此多次展開執法及海上救難合作，此歷史事實及現狀不容否認。
我方主管機關長期以來對於越界大陸船舶多數以驅離為主，一向採取穩健妥適的執法措施，不存在國台辦所說「粗暴驅離」或「無視大陸漁民生命財產安全」的情形。但在「三無」船舶（無船名、無船舶證書、無船籍港登記）不斷侵擾，以及違法人員拒絕配合並採取危險規避作為下，發生不幸事件。這樣的事件誰也不願意看到，但國台辦一再無端指控，無視事發迄今兩岸各有關單位積極調查肇因與善後處理的努力，陸委會深表遺憾。
陸委會指出，對於本案肇因正秉持依法、公正、公開的原則，由檢方全力調查中，我方會迅速公布結果。對於不幸罹難者的家屬，政府已委請海基會基於服務兩岸民眾的既有經驗，負責協助處理善後事宜。
陸委會最後呼籲雙方能互相合作，方有助早日釐清事實真相，共謀策進之道，方屬兩岸人民之福。
